ここまでの話。

新・テニスの王子様は、全国大会から3ヶ月後のお話。
東京の山奥にあるU-17選抜日本代表候補合宿所が舞台。
これまでには前例が無かった中学生50人がその合宿所に呼ばれた。
到着早々、空から降り注ぐテニスボールを拾えなかったものが脱落する場にリョーマもアメリカから到着。
対立を起こす中学生と高校生。
その翌日、この合宿所の実力を示すコート別の「入れ替え戦（シャッフル・マッチ）」に桃城が参戦。
「地獄の門番」の異名を持つ高校３年、鬼との試合い挑む。
力の差は歴然として桃城は鬼に敗れるが、一矢報いて鬼に中学生の存在を考えを改めさせる。
更に精神（メンタル）コーチ　斉藤によって中学生同士によるパートナーマッチが始まる。
負けた者は合宿から脱落という厳しい条件の中、勝者と敗者が分かれていく。
リョーマと金太郎は脱落戦の中、一番コート徳川、5番コートの鬼と出会い試合をする間に不戦敗になり、二人とも惨敗。
勝者はサーキットコーチ柘植の元、スケジュールに敷き詰められた厳しい基礎トレーニングを開始、
同時にシャッフル・マッチの渦中へ身を投じていく。
一方敗者組は、合宿終了のように見えたが斎藤コーチの導きによって、高い崖の頂上を目指す。
脱落した中学生達が崖の頂上で見たものはテニスボールを拾えなかった高校生たちと、
ハードすぎるとも思える指導をする裏コーチ、三船の姿だった。
脱落した中学生、高校生を「クズ共」と罵る三船。

整備されていないコートでの中学生ＶＳ高校生との対決。
リョーマ、田仁志、兼也の3人によるスペシャルミッション、スポーツマン狩り。
その特訓の中中学生達は確かな成長を見せていく。
そこに現れた三船は二人の成長を認めながらも今のままでも徳川や鬼に勝てないと諭す。
そんな中で高校生達が中学生達の”可能性”を認め、感じ始めたころ、
三船の厳しい特訓はU-17のコーチ陣の態度が三船の中では認められなかった事を告白し、
負け組と三船の中で始めて合宿組みへの”革命”を宣言する。

一方、勝ち組の中学達はシャッフル・マッチを戦い抜き、殆どの選手が5，6番コートまで上がってきていた。
5番より上のコートへ上がるにはコートの中から代表者が団体戦を行う「総入れ替え戦（チームシャッフル）」方式が取られている。
5番コートは鬼以外中学生で埋まり、今まで下からのものを退けるだけだった鬼の心も中学生達の戦いを見る中で火がついていた。
鬼は3番コートへのチーム・シャッフルを申請、3番コートとの団体戦が決定した。
そんな中、5番コートにいた手塚はかつて自分を青学の柱へ導いた前部長、現3番コートにいる大和と再開。

中学生達の3番コート昇格を掛けたチーム・シャッフルが始まる。
S3、リリアデント蔵兔座VS中河内外道。
外道は正確無比なコーナーショットで蔵兎座追い詰める。
蔵兎座も「磔御免」を繰り出し反撃を見せるがタフな中河内に大きなダメージを与えるも力尽きる。

D２　白石＆切原VS松平＆都の試合が始まった。
防戦一方の白石＆切原。
柳との約束を守るために自分を犠牲にしてまで赤也の悪魔化を止める白石。
切原の悪魔化は大きな力を引き出す代わりに精神的には大きなダメージを与えいていたのだ。
そこで遂に白石は顧問であるオサムとの約束を破り、左手の包帯を解く・・・。
高校生に揺さぶられていた切原にも優しく声を掛けると秘められたパワーを素直に開放する切原。
悪魔化の時には無かった「正」の力。再び切原を揺さぶろうとショットを切原にぶつける都、松平ペア。
赤く染まっていく切原だが自我をコントロールし、悪魔化の力をコントロールし我が物としていた。
一気に反撃を開始し遂に高校生から中学生が一勝をもぎ取る。

続くＳ２　大和ＶＳ手塚。
二年前に渡せなかった忘れ物を手塚に渡しに行くと大和は手塚の待つコートへ向かっていく。
ラリーの応酬の中先手を取ったのは手塚だった。
進むラリーの中、大和の放つ｢幻有夢現｣を使うもすぐさま手塚ファントムでボールをアウトさせて対抗する手塚。
自分自身がやる事は全て終わり、後は自分の為に・・・その自答の末、手塚は天衣無縫の極みへと昇華する。
5番コートが二勝目をもぎとる。そして跡部の後押しによりドイツへ行くことを決意。
同時に大和はこの試合を持って引退することを心に決めていたのであった。

続くＳ１　橘＆千歳　　VS　鈴木＆鷲尾
獅子樂中時代の先輩後輩同士の組み合わせになった。
神隠し、あばれ球と繰り出し互角の試合を見せる橘、千歳ペア。
その中で鈴木、鷲尾ペアは同調を使い7-6と辛くも勝利をあげるが同調を使いながらのこの結果に素直に喜べない鈴木と鷲尾。

その間、ドイツへ行く前に真剣勝負を始めた手塚とそれを頼んだ不二。
成長を続ける不二に対し常に一歩先の強さを行く手塚に惨敗し更に上を目指す事を堅く誓う不二であった。

そしていよいよ2勝2敗でＳ１で全てが決まる。
モニタールームでもコーチ3人が集結し戦況を見守っていた。
その中でも跡部の成長度はとてつもなく早い事を柘植も認めていたのだ。
激しい打ち合いが展開されるかと思いきや、跡部の動きを観察し先に先に動く入江に対し、
跡部の新技「失意への遁走曲（フーガ）」が炸裂する。
眼力（インサイト）を極限まで高めて昇華し相手の死角を突く”氷の世界”で打ち込もうとするも、
これまでの入江プレイを演技だと跡部は気づき入江は跡部の後ろを抜いていく・・・
本性を現した入江に成す術もない跡部。だが更なる進化「慟哭への舞曲」を放つ。
しかしさらに演技を続けていた入江は何なく返していく。
雪が降り始めるコートで跡部が静かにインサイト（眼力）を究極に研ぎすます。
入江の骨の動きまでもが見えてくる。返球に一歩も動けない入江。
「跡部王国」（あとべきんぐだむ）」を建したキング、跡部の反撃が始まる！？
怒涛の勢いでタイブレーク、そして手塚戦のように持久戦に持ち込もうとする跡部。
しかし、タイブレークに入ってから足首を負傷。
入江に見抜かれながらも手塚との約束を果たすため長きに渡るタイブレークの末入江も肩が上がらずノ―ゲームに持ちこむ・・。
だが入江の肩はまだ上がるのだが・・・。

2勝2敗1ノ―ゲームで迎えたシャッフルマッチは残ったメンバーでの追加シングルス戦。
遂に門番・鬼がコートに向かい6-0と3番コート昇格を勝ち取ると同時に2番コートのメンバーが姿を消す。
その最中、黒いジャージに身を纏った脱落戦で負けたメンバーが舞い戻った！！
合宿復帰なうえ突然2番コート入りを高らかに宣言する中学生たちだが確かな成長を見せ高校生を黙らせる。
そして2番コート入りが正式に認められた。

その10日後、遠征を終え帰国。
一軍メンバー20名へ挑戦する二軍メンバーが発表された。
選抜メンバーは全てが高校生だった。たった一名、幸村を除いては・・・。
高校生がいとも簡単に破れ去っていく。
幸村はNo.11・不破（ふあ）と対戦。
目隠し、そして世界を知ったというセリフにのせて余裕を見せるが、茶番をいつまで続けるのかと問う幸村。
全身をスポット状態にして勝利を得る。
負け組は負けた高校生の後に試合を挑む。1軍を倒すという革命を果たすために・・
しかし、中学生達は地獄の特訓で得た力を爆発し始め、
柳、桃城、大石、忍足謙哉、樺地、河村、仁王、幸村、入江が１軍のバッジを奪取に成功する！！
そして遠山も高校生を下しNo.11〜Ｎｏ．20が全て入れ替わった！
この現状を見た1軍選抜No.1、平等院が今一度中学生を含めた選抜メンバーを決め、日本代表を掛けたシャッフルマッチを宣言！

前夜、リョーマを誘い、ラリーを始める徳川。
徳川もまた、中学生達のように自信満々でこの合宿に召集されたが、平等院に大敗した事をリョーマに語る。
そこに平等院が突如リョーマと徳川を襲う。そこに助けに入ったのは黒フードを被った代表の一人だった・・
その男とはリョーマの兄、リョーガだった。

そして始まる日本代表を賭けたシャッフルマッチ！
第一試合は元氷帝部長、越知＆立海ＯＢ毛利。
それに対するのは跡部と仁王・・だが、開始早々仁王は手塚へイリュージョンする！！
越知のサーブ”マッハ”に苦戦を強いられるも、本物へ近付く仁王のイリュージョンは零式サーブをも可能にしていた。
暫く接戦が続くが、仁王が零式サーブを打つ事に限界が生じ、第１セット奪取かに見えた１３ゲーム目、
決めにいった跡部だが越智が「メンタル・暗殺者（アサシン）」の異名をいかんなく発揮する。
与えたプレッシャー、心へのダメージによりタンホイザーサーブが決まらない。
限界を超え手塚ファントムを放ち反撃するが仁王にもヒジにが限界に倒れる。
あと1ポイントの所で、跡部の姿に樺地がコートに入り返球してしまう。
越智はそのショットをポイントと認めワンセットをもぎ取るが試合に加勢してしまった樺地は合宿所退去を命じられる。
限界を迎え倒れる仁王だが、決死のペテンで跡部とのシンクロで越智、毛利に勝利する。
しかし仁王はリハビリ施設へ・・・。
続く石田銀はデュークと対戦し、パワー対決になるも圧倒的な力の前に破れる。
第3試合、君島＆遠野ＶＳ木手、丸井。
威嚇し合う遠野と木手、アイドルに近い位置にいる君島に憧れを抱く丸井。
縮地法でひたすらの守備の中に隙を突く丸井の妙技。意外な組み合わせにリードを奪うも交渉人の異名を取る君島が動く。
丸井の心を乱し、木手を交渉し裏切らせ、木手が丸井めがけてボールを直撃させる。
しかし試合前日、君島は殺し屋と呼ばれる木手に、パートナーである遠野を再起不能にする事を依頼していたのだった・・！？

続く試合はシングルス、鬼が参戦・・・鬼は密かに亜久津と戦う事を思い描くも対戦相手は遠山に。
コート外ではリョーガと阿久津の場外乱闘が・・・？
裏合宿の成果、そして鬼との打ち合いの中で新たな力を垣間見せる・・。
鬼は金太郎との戦いの中でと強さを求める原点を思い出す。
U-17に召集されたある日、既にその時からトップにいた平等院との練習試合があった・・・
激しい打ち合いの中、金太郎は天衣無縫の極みへ昇華。
しかし、鬼もまた、その姿に封印していた天衣無縫を発動。鬼のレベルはとてつもなく高いものだった。

その最中、真田は亜久津を誘いペアを組み、リョーマは兄と名乗るリョーガへ鬼の強さの秘密を打ち合う中で問いただしていた。

第５試合、大曲＆種ケ島ペアVS亜久津＆真田
強さを増した阿久津は破格の動きを見せるが、大曲、種ケ島の前に為す術がない。
真田も種ケ島に言動やプレイの中で集中力を奪われ、思考を読まれどうにもできずにいる中、
種ケ島は大曲にラケットを託し、二刀流となり、翻弄される真田は、誤って亜久津へ顔面にラケットを振りかざして倒れてしまう・・
立ち上がり、真田へ自分のテニスをやるよう諭す亜久津。
真田も負け組になって習得した「黒色のオーラ」で反撃を図るも、種ヶ島の驚異的な天賦の才を持つ種ヶ島に通用しないまま敗北。
しかし、真田、亜久津は更に強さを求める為にヒント掴んだ一戦になりそうだ。

第6試合、リョーガVSリョーマではあるのだが二人はコートに戻ってこずに平等院が待ちかね徳川と対戦。
惨敗した記憶、鬼と入江が自分に掛けてくれた期待、その恩を返すために懸命に打ち合う徳川。
序盤圧倒するも平等院の服従させる覇王のテニスプレイによりボロボロの一歩手前まで追い込まれる。
鬼と入江に伝授された身体に想い負担をかける村来るショット、ブラックホールで反撃に出る。
しかし、前夜奇襲に遭った時にリョーマを守った際に受けたダメージが遅い倒れる。
駆けつけたリョーマによって助けられたが、試合介入によりリョーマも樺地同様、合宿所追放。
合宿所を追放になり平等院と戦う事も出来ないモヤモヤを抱えるリョーマ。
帰る最中桜乃に遭遇、ひと時、桜乃の存在で落ち着きを取り戻した夜、リョーガが現れる。
平等院の戦いたいなら俺と一緒にアメリカ代表として戦おう・・・。と誘ってきた。

そのまま渡米したリョーマはアメリカ代表メンバーと合流。
アメリカ代表の残り人枠を決める為のトーナメントに勝ち抜かなければならない。
しかし、仕掛けられたいざこざの中でトーナメント前に代表候補24人を一気に倒し代表の座を勝ち取る！！